三代试管婴儿不能性别选择，国家也不允许选择性别做试管婴儿。现在国家不允许检查胎儿性别，检查胎儿性别是违法的。
第三代试管婴儿技术也就是俗称的胚胎植入前的基因诊断。取胚胎的遗传物质进行分析，诊断是否有异常，筛选出健康的胚胎进行移植，可以有效防止遗传病的传播。检测材料一般需要从4 ~ 8个细胞期的胚胎中取一个细胞，取样一般不影响胚胎发育。检测采用单细胞DNA分析方法，第三代试管婴儿技术主要选择疾病而非性别鉴定。
现在大部分公立医院都在做第一代和第二代试管婴儿，前两代试管婴儿没有办法确定男女。只有提供三代试管婴儿的医院才可以做性别选择，但需要提供相关证明，需要证明家族有遗传性疾病且只遗传给男性(女性)，才能通过技术手段进行性别选择。
第三代试管婴儿是通过先进的基因筛查方法，分析体外受精后4-10细胞期胚胎活检的1-2个细胞。为预防伴性遗传疾病儿童怀孕做出了巨大贡献，避免了高危遗传病夫妇在发现胎儿异常后终止妊娠。如果没有医学指征的性别诊断和判断，国内医院是无法实施这项技术的。 但是这项技术仅限于遗传性疾病，为了帮助他们有好的孩子。如果遗传性疾病与性别有关，比如血友病，男性发病，女性只是携带者。对于女性来说，拥有这样隐形的基因是不会致病的。有必要对胚胎进行性别筛查，防止患病儿童出生。
第三代试管婴儿又称植入前遗传学诊断(PGD)，是指在IVF-ET胚胎移植前分析胚胎的遗传物质，诊断是否存在异常，筛查健康胚胎移植，防止遗传病传播的方法。【/h/】简单来说，第三代试管婴儿技术是针对那些有生殖问题，需要体外受精，或者故意检查胚胎的遗传状况是否患有遗传病或其他类型疾病的夫妇的技术。 第一代试管婴儿解决了女性不孕的问题，第二代试管婴儿解决了男性不孕的问题，但是还有一个问题困扰着不孕不育患者，那就是如何怀上健康的胎儿。为了解决这个问题，第三代试管婴儿应运而生。做检验工作更复杂，成本更高。而且现在PGD技术能检测到的疾病非常有限，要严格选择病例。如果只是为了生个男孩或女孩，完全没必要做这个测试。根据很多中心多年的分娩数据，男女比例几乎是1: 1，所以试管婴儿技术绝对不能随意用于性别选择。
